O ensino está estruturado de acordo com o modelo de Bolonha em 3 ciclos: cursos de Licenciatura (3 anos), Mestrado (2 anos) e Doutoramento (4 anos).
No âmbito do sistema de ensino superior público português, o DI-FCT-UNL confere os graus de Licenciado em Engenharia Informática - grau conferido no âmbito do curso de Licenciatura em Engenharia Informática (1º ciclo), Mestre em Engenharia Informática (MSc level degree) - grau conferido no âmbito do curso de Mestrado em Engenharia Informática (2 º ciclo), Mestre em Lógica Computacional (MSc level degree) - grau conferido no âmbito do Mestrado Internacional em Lógica Computacional (2º ciclo) e Doutor em Informática (PhD level degree) - grau conferido no âmbito dos programas de Doutoramento (3º ciclo).