De acordo com os estatutos da FCT/UNL, o Presidente do Departamento é designado pelo Director. É o órgão de governo e de representação do departamento, cabendo-lhe a definição e condução da política científica e pedagógica do departamento, no âmbito da política geral da Escola e dos seus Estatutos.
O actual Presidente do Departamento de Informática é o Prof. Doutor Luís Manuel Marques da Costa Caires, tendo tomado posse no dia 19 de Setembro de 2011.