O MEI estrutura-se em 2 fases, de acordo com as recomendações do ACM/IEEE CS Curriculum 2013: o bloco de consolidação, e o bloco de especialização. Assume-se que os estudantes detêm uma Licenciatura com formação equivalente ao nível 1 ACM/IEEE (para um exemplo ver a nossa Licenciatura em Engenharia Informática).
O bloco de consolidação (30 ECTS, 25% do curso), inclui 10 UC de Informática, que cobrem matérias tipicamente classificadas no nível 2 ACM/IEEE. Pretende-se com estas UC, oferecidas no 1º ano, conceder uma formação muito sólida, de banda larga, em Engenharia Informática. De forma a permitir alguma flexibilidade, sem comprometer o requisito de abrangência, os alunos terão que obter aprovação em 5 de entre as 10 UC oferecidas.
Ao bloco de consolidação segue-se o bloco de especialização (30 ECTS, 25% do curso), constituído por UC opcionais, que cobrem matérias do nível 3 ACM/IEEE, permitindo ao estudante aprofundar conhecimentos numa subárea da Engenharia Informática. Os tópicos cobertos no bloco de especialização, e, em certa medida, no bloco de consolidação, complementam temas clássicos com tendências mais actuais, de acordo com as recomendações ACM/IEEE 2013, assegurando o alinhamento do curso com as necessidades da sociedade, e com a investigação actual na área. Os estudantes são aconselhados a seguir concentrações recomendadas para se especializarem em áreas concretas da Engenharia Informática.
O curso culmina com a Preparação e Elaboração de Projeto ou Dissertação de Mestrado Em Engenharia Informática (12+30 ECTS, 35% do curso).
Os restantes 18 ECTS (15% do curso) são obtidos em unidades curriculares transversais, nomeadamente de Matemática (6 ECTS), Ciências Humanas e Sociais (3 ECTS) e numa unidade opcional da oferta de várias dezenas de outras áreas (6 ECTS) .
O estudante escolhe 5 entre as seguintes 10 opções:
O estudante escolhe 5 de entre as seguintes opções, podendo substituir unidades deste bloco por cadeiras do bloco de consolidação.